La parroquia de «Sant Francesc» de Ciutadella tiene sus orígenes en el convento de frailes menores o franciscanos fundado por Alfonso III de Aragón justo después de la conquista de Menorca. De hecho, el 1 de marzo de 1287, cuando el monarca todavía estaba en la isla, concedió a los guardianes de los franciscanos o frailes menores de Barcelona y del ayuntamiento de Mallorca algunos heredados en Ciutadella con la condición de que construyeran un convento y de que algunos frailes residieran allí. Estas herencias consistían en el jardín que había sido de los Rais Abu Umar y algunas casas. La llegada de los primeros frailes debe haber sido casi inmediata. En 1290 el guardián del convento fue Fray Berenguer de Lledó. No sabemos nada de este primer convento franciscano, aunque nos ha dejado una lápida (actualmente en el Museo Diocesano) de Guillem Pere de Vilafreser, teniente del tesorero real, que había sido enterrado en San Francisco en julio de 1294.   Desde el principio el convento de Sant Francesc tuvo importancia en la vida religiosa y social de Ciutadella. Así, en 1301 se celebró una importante sesión de la Universidad de Menorca con los abogados de Jaume II de Mallorca, en la que se acordaron los términos de la reestructuración del régimen inmobiliario. Durante el siglo XIV, en Nochebuena, las posiciones de la universidad se renovaron. En cuanto a la adscripción del convento de Ciutadella dentro de la orden franciscana, pasó de la rama del claustrales a los observadores. O tronco común da orde dos irmáns máis novos, fundado polo Pobrissó de Asís en 1209, que tiña como referencia a Irmá Pobreza, dividiuse en varias ramas. O convento de Ciutadella pertenceu ao grupo claustral ata 1504, cando a reforma comezou a trasladarse á dos observadores, é dicir, seguiron máis de preto o goberno de San Francisco, sobre todo no que se refire ao desprendemento de bens materiais, en lugar dos máis laxos conventuais. Durante o século XVII construíuse o convento, ao tempo que se realizaron algunhas reformas e engadidos á igrexa, como o coro (1613), o portal lateral que dá á rúa «Puríssima» e o máis grande que se abriu na «Plaça des Born» (1681-84). Destes portais barrocos, obra do mestre Pere Amorós, só queda o primeiro, posto que o portal principal foi substituído a comezos do século XIX polo neoclásico que se pode ver na actualidade. Nesta mesma reforma decidiuse ampliar a igrexa, polo que desapareceu a ábsida orixinal, substituída polo cruceiro cuberto con cúpula e unha ábsida nova (1808). Posteriormente (1831) construíuse o deambulatorio detrás do altar. A reforma dos primeiros anos do século XIX rompe a harmonía da nave do templo. O resultado foi unha igrexa desproporcionada, demasiado longa en relación ao seu ancho. Durante os séculos XVII, XVIII e principios do XIX, o Convento de Sant Francesc seguiu desempeñando unha importante función social e cultural (escola de gramática e teoloxía, farmacia, etc.) e foi o lugar preferido dos cidadáns á hora de elixir o enterramento, tanto no interior do templo como no claustro. En 1835, porén, aplicando o decreto de desamortización eclesiástica, o convento foi extinguido e os seus bens pasaron a ser propiedade do Estado. A igrexa permaneceu aberta ao culto e en 1877 ergueuse como parroquia, mentres que o convento tivo diferentes usos ata que se construíu a casa. Cabrisses de estilo colonial, posteriormente substituídos polo edificio de correos. O xardín, pola súa banda, desenvolveuse despois de 1865.