La parròquia de Sant Francesc de Ciutadella té els seus orígens al convent de frares menors o franciscans fundat per Alfons III d’Aragó just després de la conquesta de Menorca. De fet, l’1 de març del 1287, quan el monarca encara era a l’illa, va concedir als guardians dels franciscans o frares menors de Barcelona i de l’ajuntament de Mallorca alguns heretats a Ciutadella amb la condició que construïssin un convent i que alguns frares hi residissin. Aquestes herències consistien al jardí que havia estat dels Rais Abu Umar i algunes cases. L’arribada dels primers frares deu haver estat gairebé immediata. El 1290 el guardià del convent va ser Fra Berenguer de Lledó. No sabem res d’aquest primer convent franciscà, encara que ens ha deixat una làpida (actualment al Museu Diocesà) de Guillem Pere de Vilafreser, tinent del tresorer reial, que havia estat enterrat a Sant Franci sco el juliol de 1294. Des del principi el convent de Sant Francesc va tenir importància a la vida religiosa i social de Ciutadella. Així, el 1301 es va celebrar una important sessió de la Universitat de Menorca amb els advocats de Jaume II de Mallorca, en què es van acordar els termes de la reestructuració del règim immobiliari. Durant el segle XIV, la nit de Nadal, les posicions de la universitat es van renovar. Pel que fa a l’adscripció del convent de Ciutadella dins de l’ordre franciscana, va passar de la branca dels claustrals als observadors. El tronc comú de l’ordre dels germans menors, fundat pel Pobrissó d’Assís el 1209, que tenia la germana Pobresa per referència, s’havia dividit en diverses branques. El convent de Ciutadella va pertànyer al grup de claustrals fins al 1504, quan la reforma va començar a traslladar-se a la dels observadors, és a dir, que van seguir més de prop el govern de San Francisco, especialment te pel que fa al desaferrament de béns materials, en lloc dels conventuals, més laxos. La configuració exacta del convent medieval és desconeguda per a nosaltres. Sabem que l´església era d´una nau dividida en quatre seccions i absis i ocupava part de l´espai del temple actual. Al costat, al costat oest, hi havia l’edifici del convent. Un hort de notable extensió ocupava el que avui són els carrers Nou de Juliol i Joan Benejam, fins a la Plaça dels Pins, no hi havia mur de la ciutat. Aquest convent va ser greument danyat a l’assalt otomà de Ciutadella (juliol de 1558), per la qual cosa es va considerar la necessitat de reconstruir tant l’església com el convent. Les obres de l’església van començar el desembre del 1569 i van acabar tres anys més tard. Tot i això, aviat (1581) es va decidir ampliar el temple. En aquesta ocasió, les obres van durar fins al 1607. L’església, amb una sola nau, coberta amb una volta i capelles laterals entre contraforts, es va inspirar en els patrons gòtics, encara que sempre dins una gran senzillesa i austeritat ornamental. Durant el segle XVII es va construir el convent, mentre que es van dur a terme algunes reformes i es van afegir a l’església, com el cor (1613), el portal lateral que dóna al carrer la Puríssima i el més gran que es va obrir a la Plaça des Born (1681-84). D’aquests portals barrocs, obra del mestre Pere Amorós, només se’n conserva el primer, ja que el portal principal va ser substituït a principis del segle XIX pel neoclàssic que es pot veure avui dia. En aquesta mateixa reforma es va decidir estendre l’església, per això l’absis original va desaparèixer, reemplaçat pel creuer cobert de cúpula i un nou absis (1808). Més tard (1831), la girola va ser construïda darrere de l’altar. La reforma dels primers anys del segle XIX va trencar l’harmonia de la nau del temple. El resultat va ser una església desproporcionada, massa llarga pel que fa a l’amplada. Durant els segles XVII, XVIII i principis del XIX, el Convent de Sant Francesc va continuar exercint una important funció social i cultural (escola de gramàtica i teologia, farmàcia, etc.) i va ser el lloc prefe rigut pels ciutadans a l’hora d’escollir l’enterrament, tant dins del temple com al claustre. El 1835, però, aplicant el decret de desamortització eclesiàstica, el convent va ser extingit i els seus béns es van convertir en propietat de l’Estat. L’església va romandre oberta al culte i el 1877 va ser erigida a parròquia, mentre que el convent va tenir diferents usos fins que es va construir la casa Cabrisses d’estil colonial, més tard reemplaçada per l’edifici io de correus. El jardí, per altra banda, va ser urbanitzat a partir del 1865. Durant juliol de 1936, els primers dies de la Guerra Civil, l’església va ser saquejada i tancada, per la qual cosa les imatges i retaules i orgue, obra de l’orgue suís Johann Kyburz (1813) es van perdre. Just acabada, i mentre la catedral estava en obres, va acollir el culte catedralici tornant a partir del 1941 a desenvolupar només les funcions d’església parroquial.