La parroquia de «Sant Francesc» de Ciutadella tiene sus orígenes en el convento de frailes menores o franciscanos fundado por Alfonso III de Aragón justo después de la conquista de Menorca. De hecho, el 1 de marzo de 1287, cuando el monarca todavía estaba en la isla, concedió a los guardianes de los franciscanos o frailes menores de Barcelona y del ayuntamiento de Mallorca algunos heredados en Ciutadella con la condición de que construyeran un convento y de que algunos frailes residieran allí. Estas herencias consistían en el jardín que había sido de los Rais Abu Umar y algunas casas. La llegada de los primeros frailes debe haber sido casi inmediata. En 1290 el guardián del convento fue Fray Berenguer de Lledó. No sabemos nada de este primer convento franciscano, aunque nos ha dejado una lápida (actualmente en el Museo Diocesano) de Guillem Pere de Vilafreser, teniente del tesorero real, que había sido enterrado en San Francisco en julio de 1294.   Desde el principio el convento de Sant Francesc tuvo importancia en la vida religiosa y social de Ciutadella. Así, en 1301 se celebró una importante sesión de la Universidad de Menorca con los abogados de Jaume II de Mallorca, en la que se acordaron los términos de la reestructuración del régimen inmobiliario. Durante el siglo XIV, en Nochebuena, las posiciones de la universidad se renovaron. En cuanto a la adscripción del convento de Ciutadella dentro de la orden franciscana, pasó de la rama del claustrales a los observadors. El tronc comú de l’ordre dels germans menors, fundat pel Pobrissó d’Assís el 1209, que tenia la germana Pobresa per referència, s’havia dividit en diverses branques. El convent de Ciutadella va pertànyer al grup de claustrals fins al 1504, quan la reforma va començar a traslladar-se a la dels observadors, és a dir, que van seguir més de prop el govern de San Francisco, especialment pel que fa al desaferrament de béns materials, en lloc dels conventuals, més laxos. Durant el segle XVII es va construir el convent, mentre que es van dur a terme algunes reformes i es van afegir a l’església, com el cor (1613), el portal lateral que dóna al carrer la Puríssima i el més gran que es va obrir a la Plaça des Born (1681-84). D’aquests portals barrocs, obra del mestre Pere Amorós, només se’n conserva el primer, ja que el portal principal va ser substituït a principis del segle XIX pel neoclàssic que es pot veure avui dia. En aquesta mateixa reforma es va decidir estendre l’església, per això l’absis original va desaparèixer, reemplaçat pel creuer cobert de cúpula i un nou absis (1808). Més tard (1831), la girola va ser construïda darrere de l’altar. La reforma dels primers anys del segle XIX va trencar l’harmonia de la nau del temple. El resultat va ser una església desproporcionada, massa llarga pel que fa a l’amplada. Durant els segles XVII, XVIII i principis del XIX, el Convent de Sant Francesc va continuar exercint una important funció social i cultural (escola de gramàtica i teologia, farmàcia, etc.) i va ser el lloc preferit pels ciutadans a l’hora d’escollir l’enterrament, tant dins del temple com al claustre. El 1835, però, aplicant el decret de desamortització eclesiàstica, el convent va ser extingit i els seus béns es van convertir en propietat de l’Estat. L’església va romandre oberta al culte i el 1877 va ser erigida a parròquia, mentre que el convent va tenir diferents usos fins que es va construir la casa Cabrisses d’estil colonial, més tard reemplaçada per l’edifici de correus. El jardí, per altra banda, va ser urbanitzat a partir del 1865.