La parroquia de «Sant Francesc» de Ciutadella tiene sus orígenes en el convento de frailes menores o franciscanos fundado por Alfonso III de Aragón justo después de la conquista de Menorca. De hecho, el 1 de marzo de 1287, cuando el monarca todavía estaba en la isla, concedió a los guardianes de los franciscanos o frailes menores de Barcelona y del ayuntamiento de Mallorca algunos heredados en Ciutadella con la condición de que construyeran un convento y de que algunos frailes residieran allí. Estas herencias consistían en el jardín que había sido de los Rais Abu Umar y algunas casas. La llegada de los primeros frailes debe haber sido casi inmediata. En 1290 el guardián del convento fue Fray Berenguer de Lledó. No sabemos nada de este primer convento franciscano, aunque nos ha dejado una lápida (actualmente en el Museo Diocesano) de Guillem Pere de Vilafreser, teniente del tesorero real, que había sido enterrado en San Francisco en julio de 1294.   Desde el principio el convento de Sant Francesc tuvo importancia en la vida religiosa y social de Ciutadella. Así, en 1301 se celebró una importante sesión de la Universidad de Menorca con los abogados de Jaume II de Mallorca, en la que se acordaron los términos de la reestructuración del régimen inmobiliario. Durante el siglo XIV, en Nochebuena, las posiciones de la universidad se renovaron. En cuanto a la adscripción del convento de Ciutadella dentro de la orden franciscana, pasó de la rama del claustrales a los observadores. O tronco comum da ordem dos irmãos mais novos, fundada pelo Pobrissó de Assis em 1209, que tinha como referência a Irmã Pobreza, dividia-se em vários ramos. O convento de Ciutadella pertenceu ao grupo de clausura até 1504, quando a reforma começou a passar para a dos observadores, ou seja, seguiram mais de perto o governo de São Francisco, especialmente no que diz respeito ao desprendimento dos bens materiais, em vez dos conventuais mais frouxos. Durante o século XVII foi construído o convento, ao mesmo tempo que foram feitas algumas remodelações e acréscimos à igreja, como o coro (1613), o portal lateral voltado para a rua “Puríssima” e o maior que foi inaugurado na “Plaça des Born” (1681-84). Destes portais barrocos, obra do mestre Pere Amorós, apenas o primeiro permanece, já que o portal principal foi substituído no início do século XIX pelo neoclássico que hoje se vê. Nesta mesma reforma decidiu-se ampliar a igreja, desaparecendo a abside original, substituída pelo transepto coberto por uma cúpula e uma nova abside (1808). Posteriormente (1831), foi construído o deambulatório atrás do altar. A reforma dos primeiros anos do século XIX quebrou a harmonia da nave do templo. O resultado foi uma igreja desproporcional, longa demais em relação à largura. Durante os séculos XVII, XVIII e início do XIX, o Convento de Sant Francesc continuou a desempenhar uma importante função social e cultural (escola secundária e teológica, farmácia, etc.) e foi o local preferido dos cidadãos na escolha do sepultamento, tanto no interior do templo como no claustro. Em 1835, porém, com aplicação do decreto de confisco eclesiástico, o convento foi extinto e os seus bens passaram a ser propriedade do Estado. A igreja permaneceu aberta ao culto e em 1877 foi erguida como paróquia, enquanto o convento teve diferentes utilizações até à construção da casa. Cabrisses de estilo colonial, posteriormente substituídos pelo edifício dos correios. O jardim, por outro lado, foi desenvolvido a partir de 1865.