La parroquia de «Sant Francesc» de Ciutadella tiene sus orígenes en el convento de frailes menores o franciscanos fundado por Alfonso III de Aragón justo después de la conquista de Menorca. De hecho, el 1 de marzo de 1287, cuando el monarca todavía estaba en la isla, concedió a los guardianes de los franciscanos o frailes menores de Barcelona y del ayuntamiento de Mallorca algunos heredados en Ciutadella con la condición de que construyeran un convento y de que algunos frailes residieran allí. Estas herencias consistían en el jardín que había sido de los Rais Abu Umar y algunas casas. La llegada de los primeros frailes debe haber sido casi inmediata. En 1290 el guardián del convento fue Fray Berenguer de Lledó. No sabemos nada de este primer convento franciscano, aunque nos ha dejado una lápida (actualmente en el Museo Diocesano) de Guillem Pere de Vilafreser, teniente del tesorero real, que había sido enterrado en San Francisco en julio de 1294.

Desde el principio el convento de Sant Francesc tuvo importancia en la vida religiosa y social de Ciutadella. Así, en 1301 se celebró una importante sesión de la Universidad de Menorca con los abogados de Jaume II de Mallorca, en la que se acordaron los términos de la reestructuración del régimen inmobiliario. Durante el siglo XIV, en Nochebuena, las posiciones de la universidad se renovaron. En cuanto a la adscripción del convento de Ciutadella dentro de la orden franciscana, pasó de la rama del claustrales a los observadores. El tronco común de la orden de los hermanos menores, fundado por el Pobrissó de Asís en 1209, que tenía la hermana Pobreza por referencia, se había dividido en varias ramas. El convento de Ciutadella perteneció al grupo de claustrales hasta 1504, cuando la reforma comenzó a trasladarse a la de los observadores, es decir, que siguieron más de cerca el gobierno de San Francisco, especialmente con respecto al desapego de bienes materiales, en lugar de los conventuales, más laxos.

La configuración exacta del convento medieval es desconocida para nosotros. Sabemos que la iglesia era de una nave dividida en cuatro secciones y ábside y ocupaba parte del espacio del templo actual. Al lado, en el lado oeste, estaba el edificio del convento. Un huerto de notable extensión ocupaba lo que hoy son las calles «Nou de Juliol» y «Joan Benejam», hasta la «Plaça dels Pins», no había muro de la ciudad. Este convento fue gravemente dañado en el asalto otomano de Ciutadella (julio de 1558), por lo que se consideró la necesidad de reconstruir tanto la iglesia como el convento. Las obras de la iglesia comenzaron en diciembre de 1569 y terminaron tres años más tarde. Sin embargo, pronto (1581) se decidió ampliar el templo. En esta ocasión, las obras duraron hasta 1607. La iglesia, con una sola nave, cubierta con una bóveda y capillas laterales entre contrafuertes, se inspiró en los patrones góticos, aunque siempre dentro de una gran sencillez y austeridad ornamental.

Durante el siglo XVII se construyó el convento, mientras que se llevaron a cabo algunas reformas y se añadieron a la iglesia, como el coro (1613), el portal lateral que da a la calle la «Puríssima» y el más grande que se abrió en la «Plaça des Born» (1681-84). De estos portales barrocos, obra del maestro Pere Amorós, sólo se conserva el primero, ya que el portal principal fue sustituido a principios del siglo XIX por el neoclásico que se puede ver hoy en día. En esta misma reforma se decidió extender la iglesia, por lo que el ábside original desapareció, reemplazado por el crucero cubierto de cúpula y un nuevo ábside (1808). Más tarde (1831), la girola fue construida detrás del altar. La reforma de los primeros años del siglo XIX rompió la armonía de la nave del templo. El resultado fue una iglesia desproporcionada, demasiado larga en relación con la anchura. Durante los siglos XVII, XVIII y principios del XIX, el Convento de Sant Francesc continuó desempeñando una importante función social y cultural (escuela de gramática y teología, farmacia, etc.) y fue el lugar preferido por los ciudadanos a la hora de elegir el entierro, tanto dentro del templo como en el claustro. En 1835, sin embargo, aplicando el decreto de desamortización eclesiástica, el convento fue extinguido y sus bienes se convirtieron en propiedad del Estado. La iglesia permaneció abierta al culto y en 1877 fue erigida en parroquia, mientras que el convento tuvo diferentes usos hasta que se construyó la casa Cabrisses de estilo colonial, más tarde reemplazada por el edificio de correos. El jardín, por otro lado, fue urbanizado a partir de 1865.

Durante julio de 1936, en los primeros días de la Guerra Civil, la iglesia fue saqueada y cerrada, por lo que las imágenes y retablos y órgano, obra del órgano suizo Johann Kyburz (1813) se perdieron. Justo acabada, y mientras la catedral estaba en obras, acogió el culto catedralicio volviendo a partir de 1941 a desarrollar sólo las funciones de iglesia parroquial.